Gli Organi di Confagricoltura Brescia - Unione Provinciale Brescia sono:
L'Assemblea – è costituita da tutti i soci ed è presieduta dal Presidente dell'Unione. Delibera sulle questioni di maggiore importanza per l'attività dell'Unione: approva il bilancio o il rendiconto consuntivo; nomina il Collegio dei Revisori e il Collegio dei Probiviri.
Il Consiglio Direttivo – ha i più ampi poteri per la gestione dell'Unione, con la facoltà di compiere tutto ciò che ritiene opportuno per il raggiungimento degli scopi dell'Organizzazione (escluso quanto vietato dalla Legge o dallo Statuto). Il Consiglio è costituito da: il Presidente, i componenti, i consigli dei Sindacati Provinciali di Categoria, i Presidenti e Vice Presidenti dei Consigli delle Sezioni Economiche, il Presidente del Sindacato Provinciale Pensionati, il Presidente Provinciale ANGA, il rappresentante della Montagna.
La Giunta – Costituita dal Presidente e dai Vice Presidenti dell'Unione, dai Presidenti dei Sindacati Provinciali di categoria, e dal Presidente Provinciale dell'ANGA, promuove le convocazioni del Consiglio predisponendo l'ordine del giorno; cura l'ordinaria amministrazione dell'Unione; dà esecuzione ai provvedimenti deliberati dal Consiglio; si occupa della gestione del personale (assunzioni, licenziamenti e trattamento economico) vigilando il funzionamento degli uffici; delibera l'ammissione di nuovi soci. Da giugno 2022 la giunta è costituita da Giovanni Garbelli, Gianluigi Vimercati, Oscar Scalmana, Luigi Barbieri, Francesco Martinoni, Savio Biloni, Bartolomeo Rampinelli Rota e Diego Gualeni.
Il Presidente – Dirige e rappresenta l'Unione dando esecuzione alle deliberazioni dell'Assemblea e del Consiglio ed è di diritto Presidente dell'Assemblea e del Consiglio. Attualmente il Presidente è Giovanni Garbelli, eletto per il suo primo mandato nel novembre 2018 e riconfermato per il secondo triennio nel maggio 2022.
I Vicepresidenti – I vicepresidenti collaborano con il presidente e la direzione generale per attuare le deliberazioni dell'Assemblea e del Consiglio. Da giugno 2022 i due vicepresidenti sono Oscar Scalmana e Gianluigi Vimercati.
Il Presidente onorario – Francesco Martinoni è attualmente il presidente onorario dell'organizzazione dopo essere stato a capo di Confagricoltura Brescia per la durata di due mandati, dal 2012 al 2018. Affianca con la sua esperienza il presidente nella direzione del Consiglio e dell'Unione intera.
I revisori dei Conti – Organo di controllo dell'Unione che partecipa di diritto alle riunioni del Consiglio; ne fanno parte 3 membri esecutivi e 2 supplenti nominati dall'Assemblea anche tra i non soci.
I Probiviri – Giudica le questioni che possano sorgere tra soci e soci e l'Unione; lo compongono 3 membri esecutivi e 2 supplenti nominati dall'Assemblea anche tra i non soci.
La Direzione Generale – Fa capo a un Direttore nominato dal Consiglio le cui funzioni sono stabilite con regolamento interno speciale. Attualmente il Direttore è Gabriele Trebeschi.